Tháng 6 năm 1551, Trịnh Kiểm làm tổng chỉ huy, sai Lê Bá Ly và Vũ Văn Mật ra quân tấn công Thăng Long. Trong khi Trịnh Kiểm đến An Lạc, tấn công núi Hy thì Lê Bá Ly, Nguyễn Khải Khang và Vũ Văn Mật chia 3 đường tiến đánh Thăng Long. Mạc Tuyên Tông bèn chạy đi Kim Thành, ủy thác Mạc Kính Điển ở lại cầm quân ở Bồ Đề bảo vệ kinh đô.

Từ Bồ Đề về phía bắc, Mạc Kính Điển đắp lũy đất, đặt thuyền chiến, quân thủy và quân bộ xen kẽ nhau, phòng thủ rất nghiêm ngặt[2]. Quân Lê đánh lâu ngày không được, Trịnh Kiểm cùng Lê Bá Ly rút về Thanh Hóa.

Sau khi ổn định tình hình phía bắc, tháng 8 năm 1555, Mạc Kính Điển mang quân tiến công vào Thanh Hóa. Trịnh Kiểm sai Lê Bá Ly, Nguyễn Khải Khang, Nguyễn Thiến, Lê Khắc Thận cùng mai phục sẵn ở phía nam sông, còn Trịnh Kiểm đích thân đốc suất đại quân mai phục ở phía bắc sông; sai Phạm Đốc đem thuỷ quân cùng Nguyễn Quyện đem hơn 10 chiếc thuyền chiến chiếm cứ mạn thượng lưu từ sông Hữu Chấp đến sông Kim Bôi.

Trưa hôm sau, thuyền quân Mạc qua Kim Sơn, các đạo quân mai phục đổ ra đánh. Quân Mạc thua chạy. Mạc Kính Điển thua trận, rút quân quay về kinh thành.